法官职业化是法院队伍建设的重要工作，在法官职业化建设进程中，法官和法官助理之间的协作尤为重要，法官助理的存在是当前司法的现实需要。在法官助理职务序列改革中，笔者发现以下问题和困难：
1法官助理职责不明确。按照员额制改革和审判团队建设的初衷，将员额法官和法官助理纳入审判团队，为每名员额法官配备一名法官助理，法官助理作为审判辅助人员，通过分担事务性的工作来减轻法官的工作压力，使法官能够全身心地投入到案件庭审等核心审判工作，进而促进审判质效的提升，优化司法权力的运行。团队中员额法官依法独立从事审判工作，法官助理从事审判辅助类工作，书记员主要从事事务类工作，表面上看似分工明确，实际上存在着许多交叉，员额法官、法官助理、书记员未达到1:1:1的配比，部分法官助理还兼任着书记员的角色。另外，法官助理职责应当限于辅助性审判事务，但存在其“越俎代庖”承担着员额法官承担的事务的现象。因此，建议在实践中细化明确哪些类型的裁判文书不应交由法官助理代为起草，法官亲自起草的裁判文书下限、法官助理代为起草裁判文书的上限等。
2法官助理招录难。基层法院招录法官助理难，一直是制约基层法院发展的一个难题，其核心问题是招录条件高，要求通过国家统一司法考试。又因为基层院“案多人少”所致的工作繁忙客观存在、案件负责制的压力“紧箍咒”越念越紧，尤其是“入额困难”既对现有法官助理的工作积极性产生影响，又对法学生报名参加法官助理考试的积极性产生影响。这些因素都导致法官助理难招且难留。
3县区法院在公务员招录中甚至出现了达不到开考比例的现象，造成了人才流失也影响了法院正常审判工作的开展，因此建议在招录时能够放宽条件，将通过司法考试不再作为硬性条件，并参照事业单位中招聘，将“无司法考试证者，须在招录后二年内取得；未按期取得的，不得转变为法官助理身份”设置为附加条件。